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生物系统进化，即生物系统自组织化，包括，细胞的起源、细胞的进化、细胞的发育与细胞的病理等发生过程。
生态系统是生物进化的缩影，不同等级的物种共存，却起源于地球不同历史时期，彼此之间有着已经消失了的共同祖先。
从低级到高级的生物进化，体现在不同基因组与遗传结构的细胞进化，还生物体从低级到高级的发育过程则是相同基因组的不同细胞系的形态结构发育。
系统遗传学，从理论上探索不同物种的基因组结构、稳态与自组织化，涉及基因组程序语法、生物系统逻辑，从应用上人工设计基因调控网络、重新编制细胞发育程序，开发工程细胞、仿生细胞等人工生物系统。
采用系统科学方法、计算生物学模型、纳米高通量技术、化学合成基因组等，从细胞的生物分子系统、细胞发生的系统动力学到神经系统网络，研究基因组与生物体、基因型与表达型复杂系统。
系统生物学，包括，系统生态学、系统生理学、系统遗传学等，发展到了细胞、分子系统层次的研究。
系统遗传学，研究生物的遗传结构、进化模块与发育的图式、形态的自组织系统，不等同于经典遗传学、分子遗传学的统计、群体与计算遗传学。