现有生物学进化理论和神学创造论存在明显的局限：
1）整个宇宙从奇点大爆炸就开始演变，从场到粒子、星球、星系、分子的形成，从原始人类社会到现代人类文明，从简单技术发明到现代高科技，无凝是一个演变发展的进化过程，一个生态系统的形成也是从低级到高级、从少到多的物种发展过程，因而生物界也必然是一个从低级到高级、从相同到不同的许多生物物种的进化。
2）神学创造论并没有解释任何科学家感兴趣的生物物种形成的具体内容，对知识的增加没有提供可发展的前景，对生物的研究和认识没有可操作的方法论，不能对不同等级不同类型的多样性生物之间的具体关系提供知识。
3）现有进化理论只能解释生物界是进化和演变而来，而且是自然和人工对遗传变异的选择；但是不能解释遗传变异的规模性与必然性，也不能解释物种之间的超越性大型遗传演变。
中国科学家曾（杰）邦哲（Zeng
BJ）1986年著述、1994年修订了《结构论 -
泛进化论》（生物系统泛进化理论），发表于1991年-1997年，并阐述了系统生物科学与工程、系统医药学的概念：
1）生物界的演变包括两个方面，即生物体结构的进化和生物体形态的适应，以往进化论没有阐明两者的关系与区别。
2）生物
界的遗传变异也包括两个基个方面，即A）生物物种基因组内等位基因的替代、等位基因突变形成等位基因库，以及非等位基因间排列组合的变化、染色体的畸变，B）生物物种基因组内基因种类和数量的增加、不在以往的基因范围内，新的基因群体的形成。
3）生物物种基因组内基因的自组织化与程序化表达构成生物的进化与发育两个方面，基因划分为控制一个相对独立性状的基因群（genes
group)、发育过程前后诱导表达的系列基因链（genes
chain）和物种之间基因同源变异的基因家族（genes
family)。
4）生命现象不是一个物质和能量的概念，还是一个自组织化的信息概念，生物遗传进化是信息的增长，生物体形体发生也是信息的展示过程，生物的物质不断更换、能量不断地流动，生命活动是一个信息控制过程。
5）生物体不是一个单靠分解方法可以理解的复杂系统，而且是从分子、细胞、器官、个体、群体、生态的多层次复杂系统，研究生命科学必然从传统实验方法论走向系统科学的分析与整合渗透的方法论。
6）生物系统发生演变的逻辑学是系统逻辑或结构逻辑
，计算机科学、系统科学最初从生理学的体液稳态机理、神经反馈和动物与机器的通信行为的研究中诞生，分维几何探讨了生物体，比如植物树枝与整个植物的同形全息性等；因此，系统科学、计算机科学、生物纳米技术与生物科学、生物医学等必然走向整合
的系统生物工程与系统医药学，并将带来未来智能机器人、工程生物体的人工进化。
因此，提出了自然生物系统与人工生物系统的结构、功能与演变相互关系的泛进化理论，以及遗传学从经典遗传学、分子遗传学发展到系统（结构-图式）遗传学（system/pattern genetics）的概念与方法。（参考1994-1996年《转基因动物通讯》和第19、20届国际遗传学大会及第22届世界哲学大会等）
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二零零七-八年