有機肥設備是解決牛糞出路的有效手段，牛糞本身是一種很好的生物質資源。同其他禽畜糞便一樣，牛糞中也含有大量的礦物質元素和豐富的營養物質。牛糞質地細密，含水較多，分解慢，發熱量低，屬遲效性肥料。從養分含量來看，牛糞中的礦質元素和營養物質大部分含量均較其他畜禽糞便低，有機質含量與雞糞相近，只有粗纖維、粗灰分以及無氮浸出物含量相對較高。但其產量高，總量大，因此礦物質元素和營養物質總量也相對較多。通過不同的處理技術和有機肥生產設備工藝，可生產出多種無害化、資源化、高效性的增值產品，在防治環境污染的同時也能獲得良好的經濟效益和社會效益。
高溫好氧堆肥法是目前研究最多、應用最廣泛且最有前景的另一種牛糞處理方法之一，是一種集處理和資源循環再生利用于一體的生物方法。生物有機肥設備其基本過程是將牛糞、高效發酵微生物如有效微生物群和調理劑(如秸稈、木屑等)按一定質量比例混合，控制適當的水分、溫度、pH值、C/N和氧氣等條件進行好氧發酵處理，使堆肥中有益微生物大量繁殖，利用微生物的新陳代謝將動植物難以吸收和利用的纖維素、木質素等大分子物質分解轉化為易于被吸收利用的小分子有機物。在這個過程中微生物通過新陳代謝產生的大量熱量可使堆肥溫度達到60℃左右，甚至更高，并能維持5~7d。從而能有效殺死牛糞中的病原菌和雜草種子，并使有機物達到穩定化，制成無害化的有機肥料。
當牛糞溫度上升到50℃時這些細菌就會迅速死亡，在54～68℃熱處理6～24h后就全部被殺死。而且也不會對具有發酵能力的堆肥微生物和分解有機物的細菌產生影響。在熱處理過程嗜中溫性細菌迅速減少，而嗜熱性細菌保持穩定或增加。試驗也證明芽孢桿菌是堆肥過程中起主要作用的堆肥微生物。
高溫好氧堆肥集有機物和無機物、微生物及微量元素于一體，處理時間短，營養豐富，肥效持久，并且處理設備占地面積小，管理方便，生產成本低，生產過程不會對環境造成二次污染，有利于改良土壤等優點。但需要更進一步優化堆肥過程中的各種影響因素，因地制宜，因時調控，使堆肥效果達到最佳，進而提高堆肥的生產效率和產品質量。牛糞堆肥后的產物可以根據有機肥設備需要進一步加工成粉狀有機肥和顆粒狀有機肥產品，或者摻入化肥制成各種有機無機復混肥產品，實現商品化生產。
