大量使用傳統化肥，目前農業生產中存在諸多的問題：
一、化肥利用率低。n、p、k利用率在35左右。
二、土傳病害增多，常規方法解決不理想
三、生理性病害制約產量進一步增加
然而生物菌肥應隨著科技的發展，經濟的發展，社會的發展，“綠色、環保”主題在人們的頭腦中越來越重要。
1、提高化肥利用率
隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用，所以，采用微生物菌肥與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
2、生產綠色食品
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，國內外都在積極發展綠色農業(生態有機農業)來生產安全、無公害的綠色食品。生產綠色食品過程中要求不用或盡量少用(或限量使用)化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質；其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不良影響。生物菌肥基本符合以上三原則，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。
3、改良土壤
生物菌肥中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，活化土壤，解決土壤中營養不平衡問題，有利于提高土壤肥力，讓蔬菜瓜果、中藥材、玉米、小麥等作物吃飽喝足，盛果期長不早衰。
4、生物殺菌
含有膠質芽孢桿菌特殊菌株，能夠強力抑制土壤中有害菌活動，是解決蔬菜重茬病害的新方法。
5、刺激生根
能夠強烈刺激作物生根，根系發達，營養吸收好，壯苗抗病力強，病害明顯減少。
土地肥力持續降低的問題，正成為中國農民面臨和亟待解決的一大難題。土地因為連續施用化肥，土壤中養分含量下降，有機質含量下降，土壤板結嚴重。而生物肥料能夠提高化肥利用率，改善作物品質，改良土壤，減輕環境污染，生物菌肥之所以是好肥料，是因為它的營養元素齊全，能夠改善土壤理化性狀,增強土壤保水、保肥、供肥的能力。
隨著種植戶對生物菌肥認識的提高，生物菌肥在果蔬生產中的應用越來越廣泛。在農業生產過程中，通過增施生物菌肥，能減少化肥用量、降低生產成本，改良土壤結構，消除土壤板結，提高蔬菜品質等作用。
