生物有機(jī)肥料因所含微生物的種類不同，所起作用也不同，概括起來(lái)有以下幾方面作用。
⑴固氮作用例如根瘤和固氮菌，它們?cè)谶m宜環(huán)境條件下，可以固定空氣中的氮，為作物生長(zhǎng)提供氮素營(yíng)養(yǎng)。據(jù)估計(jì)，全球每年生物固定的氮素可達(dá)10100萬(wàn)噸。
⑵養(yǎng)分釋放作用微生物把土壤中一些難于被作物吸收利用的物質(zhì)分解轉(zhuǎn)化為能被作物吸收利用的有效養(yǎng)分。如硅酸鹽細(xì)菌不僅能分解土壤中鉀長(zhǎng)石和云母等難分解的礦物，把其中固定的鉀釋放出來(lái)，還能促使土壤中難溶性的磷轉(zhuǎn)化為作物可以利用的形態(tài)。
⑶促生作用土壤中施入微生物肥料后，不僅增加了土壤中的養(yǎng)分含量，而且促進(jìn)了各種維生素、酶及其它有利于作物生長(zhǎng)物質(zhì)的合成，剌激作物的生長(zhǎng)，協(xié)助作物吸收營(yíng)養(yǎng)。
⑷抗病作用土壤中接種有些微生物后，在作物根部大量繁殖，在一段時(shí)期內(nèi)成為作物根際的優(yōu)勢(shì)菌，抑制或減少了病原微生物的繁殖機(jī)會(huì)，有的微生物還會(huì)對(duì)病原微生物產(chǎn)生抵抗作用。 微生物肥料雖然能為作物生長(zhǎng)提供養(yǎng)分，并刺激和促進(jìn)作物生長(zhǎng)，但它的作用畢竟還是有限的，作物生產(chǎn)中主要還是靠有機(jī)肥料和化肥來(lái)提供作物生長(zhǎng)所需的養(yǎng)分。
⑸自然界許多原料中含有很多有益的微生物，但這些原料一旦施入土壤中，其中的微生物會(huì)被土壤中無(wú)數(shù)的微生物吃掉。因而，不能在土壤中穩(wěn)定成活，其效果也難以表現(xiàn)出來(lái)。但是，如果先將有益菌種加到發(fā)酵后的發(fā)酵有機(jī)肥料里，發(fā)酵有機(jī)肥料本身是擴(kuò)大培養(yǎng)基，從而使細(xì)菌大量增殖。這時(shí)再將微生物有機(jī)肥料施入土壤中，很快在土壤形成優(yōu)勢(shì)種群，對(duì)作物的根系能起到良好作用。發(fā)酵有機(jī)肥料對(duì)發(fā)揮微生物活性具有良好作用。
