現代集約型農業種植中，施肥不僅是為了獲取作物的增產與增收，還要培肥土壤提高農田質量，實現高產優質和環境友好的可持續發展。所以，近年來出現了重視有機肥與化肥配合施用的趨勢。
有機肥的優點是含營養元素種類多，包括大量、微量各種營養元素，并含有大量的有機物、維生素等活性物質。
常年施用有機肥能使土壤有機質得到更新或提高，改善土壤理化性狀，明顯提高土壤質量。但其缺點是養分含量低，而且養分形態主要呈有機態，需要經過土壤微生物逐步分解，才能轉化成植物可以吸收利用的形態，因此養分供應強度低，難以滿足高產作物快速生長期的需要。
在施用上，要考慮到有機肥種類多、特點不一的特性，不僅相互間搭配還要與適量化肥搭配施用。以畜禽養殖業所產生的廢棄物來說，這類有機肥的數量很大，隨著畜禽產品生產的快速發展而增長得極快，如果不花大力氣對畜禽糞便進行科學處理和施用，不僅會造成蔬菜、果樹以及煙葉、茶葉、馬鈴薯等眾多經濟作物失去大批量價廉物美的肥料資源，還會降低這類農產品的產量和品質，進而會造成農區環境惡化，不利于新農村建設。所以，首當其沖地要在經濟類作物生產中，充分開發和合理施用糞尿類有機肥源。由于糞尿類有機肥的主要特點是養分含量高于其它有機肥，但是其碳氮比（C/N）范圍比較窄，一般在6～10之間，為此，要添加部分粉碎的秸稈組成混合有機肥施用。這樣既可實現農村環境的清潔化又可保證果蔬類農產品的質量和安全性。施用糞尿類有機肥可以部分地替代化學肥料對作物的氮磷養分供給，從而減少化肥的施用量，提高化肥利用率。
除了經濟作物外，還要糾正一種傾向，那就是糧食作物大田生產只靠化肥而不施有機肥，長此下去不僅糧食生產難以持續穩定增長，還會使農業面源污染日趨加重。在向廣大農田推薦有機肥施用時，首先要注意有機肥的種類、來源和成分，大田有機肥更要著重以秸稈還田為主，適當配合化學氮肥，調節其碳氮比例，促進有機物分解和土壤微生物群落的活躍與優化。如果大田要大量施用糞尿類有機肥，不僅肥源難以保證，而且糞尿類有機肥對大田土壤有機質的提高和培肥的作用不大，主要作用是促進有機質的循環與更新，因此，糞尿類有機肥應主要用在經濟作物生產中，尤其是新菜地、新果園等。
現代集約型農作物栽培體系中，有機肥的合理使用要注意：
其一，不能施用生糞，必須腐熟和經過堆制轉化過程。要將大量分散的原生糞尿堆制成合格的有機肥，一要技術，二要勞動力。當前農村缺乏壯勞力，生糞起出后，往往數月甚至半年堆積在村頭路邊，任其日曬雨淋，造成糞尿類肥料的氨氣揮發和氮鉀養分的流失和蟲卵病菌的傳播。等到了春季農業生產該用肥的時候，直接上到地里。這是不科學的做法，這種現象應該改變。
其二，適量施用。控制糞肥用量的做法，歐盟國家已提出了控量施用的規定。以英國為例，將施用量定在170噸（氮）/公頃之內。然而，近年來我國部分地區的蔬菜和果園生產中，每畝糞肥的施用量平均達到2噸以上，有的菜地還達10噸，這樣盲目而普遍超高的糞肥施用量，造成了菜地養分蓄積和水體污染。由于糞肥富含有機氮，其分解的最終產物也是硝酸鹽，同樣會對水體和環境產生污染，糞肥還可能有重金屬超標等問題。
因此，我國在高投入集約化經濟作物生產中，應該應用測土配方施肥的技術，同時規范有機肥和化肥的用量。提倡有機肥與化肥配合施用。二者適宜的供氮量比例以各占一半為佳。 對于高投入高產出經濟作物的施肥，要注意糞肥的控量施用，這是科學合理的。在養殖業日趨發達的今天，超量產出的糞肥應該向糧食作物的大田施用，這將有利于我國糧食生產的可持續發展和減少部分農田的有害氣體排放。
其三，糞肥的制作除了發酵轉化以外，還要調節碳氮比，添加秸稈的成分、加寬碳氮比，提高糞肥的改土功能。
總之，在農作物高產體系中，有機肥的施用只有合理才可持續，那些片面偏多的施肥觀念并不利于優質、安全的生產。應該說有機肥與化肥的配合施用是一項科學施肥的策略。
