生物有機肥是指畜禽糞便、秸稈、有機垃圾等經微生物發酵、除臭和腐熟加工而成的肥料。目前，國內有機無機復混肥廠的有機原料主要有兩種，一種是利用不可再生資源泥炭，泥炭已經被國家規定限制性開采。因此，該廠急需要一種有機原料的品質與泥炭相同或者高于泥炭。另一種是采用烘干雞糞法，此方法在烘干過程中不斷產生氨氣，既污染了空氣，又浪費了養分，而且得到的有機肥在土壤中大量使用，又會被土壤中的微生物利用，消耗土壤中的氮，而且會出現燒苗現象。
其實，畜禽糞便既是污染源，又是有價值的資源，它包括農作物必須的各種營養成分。據農業部估計，2002年全國有機肥資源總量約48.8億噸，其中畜禽糞便資源量為20.4億噸；2003年我國畜禽的糞尿總量為35.2億噸，其養分總量為4741.45萬噸。按上述畜禽糞便年排放量35.2億噸計，折算成標準化肥氮肥570萬噸，標準磷肥420萬噸，標準鉀肥330萬噸，合計折算標準化肥總量約1320萬噸，并提供有機質約2850萬噸。可見，畜禽糞便是良好的有機肥源，其在農業生產中具有以下優點：
（1）適于作物生長的需要。無論是秸桿還是畜禽糞便，所得的有機肥產品從根本上主要來自植物性產品，因此該有機肥從組成和性質上都與作物相類似。由于含有作物所需的大量元素和中微量元素，故與化肥相比，其具有不偏肥、不缺素、穩供、長效等特點。所謂不偏肥和不缺素是指肥料養分種類全面，每種養分含量適度。穩供和長效是指有機肥中某些養分所處的形態以有機和續效狀態存在，因此需要外界環境和微生物的作用下才能釋放出來并發揮作用。其含有的微生物和酶除釋放某些被固定的元素外，還能夠加速有機物的分解和轉化，從而活化并改善土壤的養分狀況，提高土壤供肥能力。有機肥中還含有氨基酸、蛋白質、糖、脂肪和胡敏酸等化肥中所沒有的各種有機養分，其中有的可以被植物直接吸收利用，如可溶性糖，氨基酸和有機氮等。
（2）提供作物生長所需要的刺激性物質。有機肥料含有大量的有機物質，經過微生物分解轉化產生的降解物如維生素，腐殖酸，激素等有刺激作用，能促進作物生長發育。在這些物質的刺激作用下，作物根系旺盛生長，能提高對養分（特別是磷，鉀）的吸收能力；同時增強作物的光合作用，提高光合能力，使作物根系發達，生長健壯，葉片多而寬，葉色濃綠，干物質累積多，成穗率高，穗部性狀改善，產量提高。
（3）增強作物的抗逆性。有機肥含有生物物質，抗生素等，能增強作物的抗逆性和對不良環境的適應能力。例如，有機肥能改善土壤結構，提高土壤保水能力，使其具有抗旱性；有機肥中的腐殖質等物質能夠提高作物的過氧化氫酶的活性，降低細胞膜的透性和脫落酸含量，從而增強作物的抗性；有機肥中含有的某些刺激物質如黃腐酸等能夠提高作物的抗寒增產作用。此外，有機肥由于肥效平穩，養分全面，能有效地防止稻瘟病，紋枯病，蔬菜爛菜等病害發生，增強作物的抗病抗倒伏能力。
（4）提高作物產量和改善農產品品質。施用有機肥由于可以改善土壤結構，增加土壤肥力，同時可以提高作物全面的營養物質，因此可以達到提高產量的目的。而且有機肥養分全面，既含多種無機元素，又含有多種有機養分，還含有大量的微生物和酶，具有任何化學肥料都不可比擬的優越性，對改善農產品品質，保持其營養風味具有特殊作用。
我國每年的化肥消耗量已超過1.2億噸，目前單位面積的化肥使用量是美國的1.6倍，世界平均水平的3.8倍，成為世界肥料生產、使用和進口的第一大國。此外，長期施用化肥會引起土壤酸化和板結、重金屬和硝酸鹽污染、并造成水體富營養化，致使作物品質下降，硝酸鹽含量超標，并通過食物鏈危害人類健康。目前，由于化肥施用不當，我國耕地約80%缺氮，50%缺磷，30%缺鉀，有些土壤有機質含量不足1%。人們總是抱怨，施用化肥的瓜不甜，果不香，菜無味，就是因為長期施用化肥致使作物養分不全、品質下降。這種高成本的化肥，增產不增收，其市場必將被有機肥所占據。
