1、酸性化肥不可與堿性肥料混用
碳銨、硫銨、硝酸銨、磷銨不能與草木灰、石灰、窯灰鉀肥等堿性肥料混施，會發生中和反應，造成氮素損失，降低肥效。
2、含氯的化肥不宜使用在鹽堿地和忌氯作物上
忌氯作物有甜菜、薯類、茶樹、桃樹、葡萄、甘蔗、柑橘、煙草、漿果類等被認為是典型的忌氯作物。
有些作物對氯比較敏感，當超過一定量時會起到抑制生長的作用，如甘薯、烤煙、萵苣、白菜、草莓、葡萄、蘋果幼樹、茶樹、馬鈴薯、甜菜、柑橘、甘蔗、辣椒、萵筍、莧菜、西瓜等，而有些作物對氯的敏感性較弱，需要在較高含量情況下才會對生長產生不利影響，如棉花、獼猴桃、番茄、甜菜、水稻、谷子、高粱、小麥、大麥、玉米、黑麥草、茄子、豌豆、菊花等。
即使是對氯敏感的作物，也需要吸收氯，只是量相對少而已。只要是合理施用含氯肥料，不僅不會對作物造成傷害，還會起到促進生長的作用。
3、氮素化肥不宜淺施或澆水前施用
氮素化肥施入土壤后一般要轉化為銨態氮，容易隨水流失或受光熱作用而揮發，失去肥效。
4、碳銨和尿素不能混用
尿素中的酰胺態氮不能被作物吸收，只有在土壤中腺酶的作用下，轉化為銨態氮后才能被作物利用;碳鐵施入土壤后，造成土壤溶液短期內呈酸性反應，會加速尿素中氮的揮發損失，故不能混合施用。碳銨也不可與菌肥混用，因為前者會散發一定濃度的氨氣，對后者的活性菌有毒害作用，會使菌肥失去肥效。
5、氮肥不宜多施于豆科作物上
豆科作物根部都有固氮根瘤菌，過多施用氮素肥料，不僅會造成浪費，還會使作物貪青晚熟，影響產量。
6、磷肥不宜分散使用
磷肥中的磷元素容易被土壤吸收固定，失去肥效，應先將磷肥與積肥混合堆漚一段時間，再溝施或穴施于作物根系附近。
7、含磷量較高的肥料不宜多用于蔬菜
蔬菜對磷元素的需要量相對較小。
8、鉀肥不宜在作物生長后期使用
待有缺鉀癥狀時，作物生長已近后期，這時再追肥已起不到多大作用，因此鉀肥應提前至作物苗期追施，或作基肥使用。
9、稀土肥料不宜直接施于土壤中
稀土肥料用量較小，正確的使用方法是將稀土肥料拌種或用于葉面噴施。
10、不宜不分作物品種和生育期濫施肥料
不同作物、不同生育期的作物對肥料的品種和數量有不同的需求，不分作物及時期施肥只會適得其反。
11、硫酸銨忌長期施用
硫酸銨為生理酸性肥料，長期在同一土壤施用，會增加其酸性，破壞團粒結構;在堿性土壤中，硫酸銨的銨離子被吸收，而酸根離子殘留在土壤中與鈣發生反應，使土壤板結變硬。
12、未腐熟的農家肥和餅肥不宜直接使用
未腐熟的農家肥和餅肥中含有多種蟲卵、病菌，還會產生大量二氧化碳氣和熱量，直接使用會污染土壤，加快土壤水分蒸發、燒壞作物根系，影響種子發芽。正確的使用方法是，先將農家肥和餅肥充分堆漚腐熟，經高溫消毒或藥劑處理后再使用。
