一、 糞肥要腐熟
即使有的糞肥經過幾個月的堆放，或已經干燥，也不一定意味著完全腐熟，只是里面水分含量減少了，糞肥不完全腐熟會引起以下問題：
1、燒根：糞肥施用到土壤中，定植上蔬菜后，隨著澆水，會使未完全腐熟的糞肥逐漸腐熟并放出一定的熱量，從而導致燒根或燒苗。
2、蟲害：糞便往往含有多種腸道致病菌和寄生蟲卵，是傳播疾病的重要途徑。糞肥施用后，由于未完全腐熟，可能會造成蟲害增加，如雞糞中的雞虱子較多。
3、氣害：未完全腐熟的糞肥在土壤中慢慢發酵腐熟，會逐漸放出部分有害氣體如氨氣或二氧化硫或氫二硫等，這類有害氣體如果含量過高，或由于天氣冷，放風不及時，有害氣體會在棚中積累，影響蔬菜的正常生長，容易出現氣害。
二、 部分糞肥的質量較差
有的糞肥中被加入一定量的火堿，可使一方雞糞膨大為一方半， “發”起來的糞肥看上去體積增大，但這種糞肥施用到土壤中后，不僅會造成燒根，還會破壞土壤，給蔬菜生產造成不良后果。有個別經銷商的雞糞是糟糠加雞毛的假貨或是摻假的劣質肥。
三、 建議菜農朋友在使用糞肥前，確保糞肥充分發酵
在糞肥中加入發酵菌劑可使畜禽糞便快速發酵、徹底腐熟。發酵后的糞肥無臭味，有機質含量高，營養全面，施到地里不燒根苗。使用生物菌劑發酵后的肥料中的有益微生物在作物根際土壤中能形成優勢菌群，抑制其他有害病原微生物的生長繁殖，減少了有害微生物的的危害機會。其次，微生物在生長繁殖過程中能分泌代謝物質，提高了作物抵抗不良環境的能力，增強作物的抗病性。用生物菌劑發酵有機肥操作簡單，不但節約成本，而且發酵后的有機肥質量比得上市場上銷售的有機肥，施到田里能達到很好的效果。
