有機肥設備出產有機肥資源利用率低的主要原因是：我國的畜禽養殖已逐步專業化、規模化，多數農夫沒有畜禽糞便使用，而畜禽養殖場又缺乏有效、公道的渠道將畜禽糞便用之于農夫的農田。部門畜禽養殖場利用畜禽糞便出產的商品有機肥，單位養分的價格又高于化肥，農夫使用商品有機肥，經濟上并分歧算。作物秸稈是每戶農夫都擁有的資源，但秸稈還田需要一定的機械前提，而多數農夫因經營規模小，不可能購置專門的還田機械，只能迫不得已一燒了之。
可以采取以下方法進步有機肥資源的利用，控制化肥出產。目前我國的化肥產量已經超過施用量，預計到2030年我國人口高峰時糧食需求是6.3億噸，按95%自給率計，需要出產6億噸，大約需要增加農田養分供給約1250萬噸。2009年我國出產化肥6706萬噸，施用化肥5404萬噸，表明現有化肥產能已經可以知足2030年的需求，假如增加有機肥施用，對化肥的需求還將進一步減少，所以應當休止擴大化肥出產規模。可是2010年仍有氮肥施工項目356個，磷肥施工項目180個，鉀肥施工項目51個，復混肥施工項目586個，這種盲目擴大化肥出產的做法不符合我國肥料施用的戰略方向，也不符合目前化肥供求的現狀，必將造成極大的鋪張
2，實施有機肥施用補貼。應當參照歐美各國的經驗，制定適合于我國前提有機肥施用的補貼辦法，以鼓勵農夫增施有機肥。如對實施秸稈還田的農戶按還田面積進行補貼;對種植綠肥的農戶提供種子與翻壓經費;根據畜禽糞尿產量與處理規模對畜禽養殖場建設儲存、發酵與運輸設備，以及養殖場對農夫進行糞尿施肥服務的面積進行給予補貼;對于消納半徑過大的大型養殖場，可以支持其出產商品有機肥，因為這些企業難以享受增值稅返還的優惠政策，應考慮按其出產規模予以適當補貼。
3，指導農夫公道施用化肥。目前實施的測土配方施肥工程項目正在逐漸改變盲目與過度施肥的現狀，為了適應有機無機配合的施肥戰略要求，有必要深化與發展測土配方施肥工程，將有機肥施用納入工程的計劃之內。
4，完善有機肥施用的配套措施。我國今后的有機肥種類必將以畜禽糞便和農作物秸稈為主，綠肥、餅粕以及符合環保要求的城市廢棄物(如餐廚垃圾、糊口垃圾)加工的有機肥等為輔。應該為這些有機肥的施用創造前提，如畜禽糞便應以簡易發酵后直接施用為主，應當要求畜禽養殖場配備充分的糞尿儲存舉措措施、發酵設備與運輸工具;秸稈應以直接還田為主，除應研制適應不同需要的還田機械外，還應完善類似于小麥收成那樣的農機服務體系以服務于農夫;綠肥則應迅速完善種子繁育基地建設。另外，應該及早制定有機肥的質量尺度，特別是對重金屬與有機污染物含量應從嚴控制
5，加強有機肥的科學研究。長期以來，我國在科學研究上正視化肥忽視有機肥，目前有機肥的科學研究經費少，職員不足，導致科研成果遠不適應出產的需求，如嚴寒地區的有機肥積造與施用技術，畜禽養殖場的畜禽糞便簡易處理的合用裝備與施肥技術都需要加強研究。
