有機肥和復合肥最主要的區別就是有機質的含量不同。
有機肥是指采用物理學、化學、營養學以及生物學原理把各種動物和植物的殘骸，經過一定時期發酵腐熟，科學地將氮、磷、鉀與中量元素、微量元素以及有益菌群等復混到一體后形成的肥料，有機肥含有大量生物有機物質，施用有機肥料不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和培養土壤里面的有機質，促進微生物有益菌繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分來源，但是有機肥肥效稍低，見效稍慢，不適合急需補充營養元素的作物。
無機肥具有很強的專一性，能迅速增加某種營養元素的數量，針對性強。無機肥的施入，利用化學元素直接補充給植物，首先刺激浮游植物的大量繁殖，達到催生的目的，肥效高，效果直接，但是持續性差；無機肥的長期大量使用，容易造成土壤營養元素的不平衡，使抑制因子迅速發生漂移，施肥效果就會越來越差，而且對土壤產生不好的影響，導致土壤板結。復合肥主要指含有兩種以上營養元素的無機肥，如：磷酸氨、硝酸鉀、硼酸氨等。施入復合肥可同時補充兩種以上的營養元素，但由于其中營養元素固定的比例，大量使用復合肥的生物學效果與無機肥一致。
有機肥和復合肥搭配施用，具有養分含量高、副成分少且物理性狀好等優點，對于平衡施肥，提高肥料利用率，促進作物的穩產高產有著十分重要的作用。
