一、與化肥混施：有些用戶認為，菌肥不能與化學肥料混用。混用后，高濃度的化學物質就會殺滅菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。其實菌肥可與部分化肥混合使用。如過磷酸鈣等施入土壤后易被固定，與生物有機肥混合施用，可減少養分固定、流失。而且單獨施用較大量的化肥或化肥施用不均勻時，容易對作物產生毒副作用，如果與生物菌肥混合施用，則會減少此類問題發生。同時，因為化肥只能為作物提供一種或幾種養分，長期施用，作物會產生缺素癥，而微生物菌肥含有大量的有益微生物，能夠改善土壤理化性狀和微生態區系，增強土壤中酶的活性，有利于養分轉化。
二、合理施用：生物菌肥能夠改良土壤結構，為作物和土壤微生物生長提供良好的營養和環境條件，施入較多的菌肥，也不會出現燒根燒苗現象，但并不是越多越好。盲目大量施用生物菌肥，雖然不會向化學肥料那樣造成蔬菜燒根死苗，只是蔬菜植株體內鹽類積累增加，但增加了肥料投入成本，降低蔬菜的栽培效益。因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地確定生物菌肥施肥量，才能達到增產增收的目的。
三、滿足生物菌肥肥效發揮條件：有機生物菌肥內含有大量的土壤微生物菌劑，這些微生物能夠釋放土壤中的不可溶性磷鉀等肥料元素，施用后增效顯著。但是，這類微生物多是好氧性菌類，它們的一切生命活動，都需要適宜的溫度、水分和適量的氧氣。因此，施肥時需要淺施，入土深度5～8厘米為好，不可深于10厘米，防止深層土壤氧氣不足，影響微生物的活性，降低使用效果。
四、不要忽視其它防治措施。死棵是近年來棚室蔬菜相對比較突出的病害。隨著菌肥的不斷推廣應用，很多用戶穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的發生發展，于是生產中不少用戶就將使用菌肥作為抑制蔬菜死棵的唯一措施，其實這種做法不是很正確。菌肥的確可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥并不是農藥，不能達到農藥防治病害的所有效果。一旦發生病害，特別是根莖部病害，還是要使用藥劑對癥用藥進行防治，不可過分依賴菌肥的防病功效。
科學、正確、合理使用使用微生物菌肥能幫助各位用戶解決土壤肥力下降，板結問題，能促進農作物的高產豐收。
