施足基肥能供給蓮藕整個生長期所需的養分，并具有改良土壤、培肥地力的作用，藕田基肥用量應根據土壤肥瘦而定。栽植蓮藕大多選擇土質肥沃、有機質豐富、排灌方便的田塊，結合整地一般每畝施入腐熟的農家肥2500～3000公斤、通用型復合肥60～80公斤，并施入鈣、硼、鋅等肥料，然后深耕20～30厘米，耕細耙平，放入3～5厘米淺水待用。
蓮藕整個生長期需追肥2～3次。第一次在植株有1～2片立葉時(定植后25～30天)施入，每畝施尿素15公斤或腐熟農家肥1500～2000公斤、硫酸鉀7.5～10公斤；第二次在有5～6片立葉(定植后40～50天)時，每畝施高氮、鉀復合肥20～25公斤；第三次在終止葉出現時施入，此時開始結藕，每畝施高鉀型復合肥15～20公斤，或施入腐熟的人畜糞肥2000公斤左右。施肥時要選擇晴朗無風的天氣，在清晨或傍晚進行，每次施肥前放淺水，讓肥料溶入水中，施肥后兩天再灌水至原來的深度，追肥后潑澆清水沖洗荷葉。對深水藕田，最好做成肥泥團追施，以防肥料漂浮。施肥時注意不要踩傷蓮鞭，以免影響結藕。
