雖然說商品有機肥與糞肥同樣能夠改良土壤，但使用方法是不一樣的。有些菜農使用商品有機肥后感覺不如糞肥有效果，這是因為使用的方法沒有改變造成的。在這里提醒菜農，使用商品有機肥時要做好以下三點：
首先，底施要足量。
有些菜農感覺商品有機肥價格較貴，不如糞肥用量大。但在改良土壤時需要補充足夠的有機質才能起到一定的效果。因商品有機肥已經過無害化處理，不會像糞肥那樣產生燒根熏苗的情況。因此，使用商品有機肥時要使用足夠的數量。
其次，穴施溝施要正確。
很多菜農的有機肥使用方式是穴施或溝施，需要注意的是要與植株根系保持一定的距離。比如在兩行蔬菜的中間溝施，也可在兩棵植株間穴施。
再次，講究與其他肥料配合。
商品有機肥的主要作用是改良土壤，維護土壤生態。里面含有的大中微量元素畢竟有限。在高收入經濟作物使用時一定要與其他類型的肥料配合使用。如與生物菌肥、大量元素水溶肥等等
